Bugüne kadar bu topraklar nice medeniyetlerin beşiği olmuş nice milletleri sinesinde yaşatmıştır. Türk tarihi araştırmacısı Yılmaz Öztuna'nın "Türkiye Tarihi" adlı kitabının C.1, S.33'de Batı Anadolu kıyılarına yerleşen (Büyük Menderes ile Gediz Nehirleri arasında) İyonyalılardan bahsetmektedir. MÖ.2000 yıllarında bu topraklara yerleşmişler, uzun süre Hititlere tabi olmuşlardır. İyonlar zamanla Yunanistan'dan gelen göçmenlerle karışarak Yunanlılaşmışlardır. İşte bu tarih süreci içinde meydana gelen antik kentlerden; batısında NYSSA (Sultanhisar) ,doğusunda MASTAVRA (Bozyurt-Nazilli) güneyinde ORTASİ ( Yenipazar ) ile çevrili olan bu yerlerde bir yerleşme merkezinin olduğu yapılan incelemeler ve bulunan antik taşlar bu iddiayı doğrulamaktadır. Zamanla Lidyalı'ların, Perslerin ve Romalıların yıllarca istilalarına sahne olmuş bu topraklardan geriye birkaç parça antik taş kalmıştır.
Atça'nın kuruluşu Aydın Beyliği'nin kuruluş devrine rastlar. Anadolu Selçuklu Devleti'nin batıya yaptığı seferler sırasında (1277) iki asker şehit olur. Daha sonra buraya iki ayrı türbe yapılır. İşte ta o zamandan beri Atça'nın bulunduğu mevkiye "Türbe Kırı" denilmektedir.
Osmanlı Beyliği devrinde ise Tavas Bey oğullarından "Tavaslı oğlunun At çayırlığı" olarak söylenmektedir.
Yerleşmeye elverişli olan bu topraklara ilk defa (Bugün Kırcalılar ve Kerpiçciler sülalesi diye anılan) Behdi Kadılar sülalesinden üç kardeş yurt edinirler. Atça'nın çevre ovalarında yerleşik hayat sürdüren TAŞLIBEYLİK, DİĞME, HAMAMBAŞI, HASIRCI gibi obalar bu topraklara yerleşerek Atça'yı meydana getirmişlerdir.
01.04.1958 tarihinden itibaren yürürlükte olmak üzere 7033 sayılı kanunla Sultanhisar'ın ilçe olmasından sonra Kılavuzlar ismi kaldırılarak Atça Nahiyesi adıyla Sultanhisar'a bağlandı. 1879 yılında belediyelik olan Atça, İstiklâl Savaşı'ndan önce muhtelif binalardan yönetilerek 1935'de yapılan belediye binasına taşınmıştır. Bugün bu bina hâlâ kullanılmaktadır. Atça, 3 Haziran 1919 Salı günü Yunanlılar tarafından işgal edilmiştir. 5 Eylül 1922 Salı günü düşmandan işgalinden kurtulmuştur.