Aydın Adnan Menderes Üniversitesi’ne bağlı olarak 3 Şubat 2006 tarihinde kurulan Bozdoğan Meslek Yüksekokulu, 2006-2007 akademik yılında eğitim-öğretim faaliyetlerine başlamıştır. İlk olarak İktisadi ve İdari Programlar Bölümü ile Sağlık Programları Bölümü bünyesinde açılan programlarla hizmet vermeye başlamış; bu kapsamda İktisadi ve İdari Programlar Bölümü altında Pazarlama Programı (Satış Yönetimi ve Reklamcılık Dalları) ve Sağlık Programları Bölümü altında Hayvan Yetiştiriciliği ve Sağlığı Programı yer almıştır.
2007-2008 akademik yılında Sağlık Programları Bölümü'nde Hayvan Yetiştiriciliği ve Sağlığı Programı’nın ikinci öğretim seçeneği açılmıştır. 2008-2009 akademik yılında ise İktisadi ve İdari Programlar Bölümü bünyesinde Halkla İlişkiler Programı ve Pazarlama İkinci Öğretim Programı, Teknik Programlar Bölümü bünyesinde ise Su Ürünleri Programı eklenerek, yüksekokulumuzda toplam altı programla eğitim-öğretime devam edilmiştir.
2008-2009 eğitim-öğretim yılında, İktisadi ve İdari Programlar Bölümü bünyesinde Halkla İlişkiler Programı açılarak eğitim-öğretime başlanmıştır. 2009-2010 eğitim-öğretim yılı başında, Yükseköğretim Kurulu (YÖK) tarafından alınan karar doğrultusunda, bölümün adı Pazarlama ve Reklamcılık olarak, programın adı ise Halkla İlişkiler ve Tanıtım olarak değiştirilmiştir.
2009-2010 akademik yılı başında, Yükseköğretim Kurulu (YÖK) kararı ile Sağlık Programları Bölümü’ndeki Hayvan Yetiştiriciliği ve Sağlığı Programı’nın adı “Büyük ve Küçükbaş Hayvan Yetiştiriciliği Programı” olarak değiştirilmiştir. Ancak aynı yıl, ikinci öğretime kayıt yaptıran öğrenci sayısının düşük olması nedeniyle (10’dan az) bu programa YÖK kararıyla öğrenci alımı durdurulmuştur.
2011-2012 eğitim-öğretim yılı itibarıyla YÖK’e sunulan teklifin onaylanmasıyla birlikte Halkla İlişkiler ve Tanıtım Programı’nda ikinci öğretim için öğrenci alımına başlanmıştır. Günümüzde Halkla İlişkiler ve Tanıtım (Örgün Öğretim) Programı, 50 kişilik kontenjanla eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdürmektedir.
Ancak, 2017-2018 eğitim-öğretim yılında Halkla İlişkiler ve Tanıtım (İkinci Öğretim) Programı’nın öğrenci kontenjanı 30 kişiye düşürülmüştür. 2023 yılında Yükseköğretim Kurulunun Türkiye genelinde aldığı kararla ikinci öğretim programı kapatılmıştır.
2023-2024 akademik yılı itibarıyla, Bozdoğan Meslek Yüksekokulu eğitim-öğretim faaliyetlerini Laborant ve Veteriner Sağlık Programı ile Halkla İlişkiler ve Tanıtım Programı üzerinden sürdürmektedir.
